循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)難點(diǎn)是解決氮循環(huán)的問(wèn)題，要消除氨氮和亞硝/酸氮的影響。傳統(tǒng)的解決方案是在循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中加入了反硝化反應(yīng)池，但由于反硝化作用需要在嚴(yán)格厭氧條件下進(jìn)行，因此硝化作用反應(yīng)池需要跟反硝化作用反應(yīng)池分開(kāi)，這就增加了循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的成本。前循環(huán)水養(yǎng)殖設(shè)備已實(shí)現(xiàn)工廠化生產(chǎn)，實(shí)現(xiàn)養(yǎng)殖池與養(yǎng)殖凈化設(shè)備的無(wú)縫連接。通過(guò)一系列的物理過(guò)濾、化學(xué)沉淀以及通過(guò)微生物的作用去除氨氮、硝氮和亞硝氮再通過(guò)殺菌消毒、充氧等操作，水體重新流回到循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中，實(shí)現(xiàn)養(yǎng)殖水的循環(huán)利用。

造成桃拉病毒滋生的主要原因就是養(yǎng)殖水的水質(zhì)控制問(wèn)題，使用外塘養(yǎng)殖模式到了一定時(shí)間，水質(zhì)相對(duì)會(huì)比較差，這時(shí)候就會(huì)滋生各種各樣的病毒。廣州環(huán)控農(nóng)業(yè)生物科技有限公司為了提高養(yǎng)殖水的質(zhì)量，進(jìn)行了長(zhǎng)期的實(shí)驗(yàn)和研究，結(jié)合循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和生物絮團(tuán)養(yǎng)殖技術(shù)，打造了一個(gè)適合養(yǎng)殖對(duì)蝦的養(yǎng)殖模式。運(yùn)用循環(huán)水養(yǎng)殖設(shè)備，可以有效改善水質(zhì)環(huán)境，而且節(jié)約水能，同時(shí)可以進(jìn)行高密度養(yǎng)殖對(duì)蝦，產(chǎn)量比外塘養(yǎng)殖要高出10倍有余。

20世紀(jì)90年代，在淡水養(yǎng)殖方面，隨著經(jīng)濟(jì)的快速發(fā)展，全國(guó)各地興建了很多水產(chǎn)養(yǎng)殖示范區(qū)，建立了一批淡水魚(yú)類工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)，但是其經(jīng)濟(jì)性矛盾依然突出。而工廠化循環(huán)水苗種繁殖生產(chǎn)系統(tǒng)具有水環(huán)境可控、苗種質(zhì)量高等優(yōu)點(diǎn)，適應(yīng)了苗種生產(chǎn)的反季節(jié)性、水質(zhì)條件要求高的特點(diǎn)，并且苗種的單位產(chǎn)值高，使之得到了一定程度的應(yīng)用。以大菱鲆工廠化流水養(yǎng)殖為代表的海水工廠化養(yǎng)殖的大力推廣，隨之而來(lái)的是優(yōu)質(zhì)水資源大量耗用，尤其是地下水資源，造成地下水位下降、地陷等諸多問(wèn)題。“九五”以來(lái)，國(guó)家有關(guān)科研計(jì)劃大力支持海水工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的研究，并取得了重要的階段性成果。