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二代測序——技術(shù)原理類問題
二代測序與一代測序的區(qū)別是什么:一代測序技術(shù)如Sanger測序,一次只能讀取一條DNA序列,通量低、速度慢、成本高,但準(zhǔn)確性高,適用于對少量基因片段的精確測序。而二代測序技術(shù)具有高通量、速度快、成本低等優(yōu)點,可以同時對大量DNA分子進(jìn)行測序,但在單個堿基的準(zhǔn)確性上稍低于一代測序,二者在不同的應(yīng)用場景中各有優(yōu)勢。二代測序有哪些主要的測序原理:主要包括邊合成邊測序和連接法測序。邊合成邊測序是在DNA聚合酶的作用下,逐個添加帶有熒光標(biāo)記的dNTP,通過檢測釋放的熒光信號來確定堿基序列;連接法測序則是利用DNA連接酶將寡核苷酸探針連接到模板DNA上,根據(jù)連接的探針序列來推斷模板DNA的堿基組成。 二代測序是基于PCR和基因芯片發(fā)展而來的DNA測序技術(shù)。新疆二代測序原理
二代測序的建庫步驟②
二、片段化處理
物理方法:超聲破碎是常用的物理片段化方法。它通過超聲波的高頻振動將核酸分子打斷成合適大小的片段。例如,在一些文庫構(gòu)建中,將DNA樣本置于超聲破碎儀中,通過調(diào)整超聲功率和時間,可以將DNA片段化到幾百堿基對(bp)的長度范圍,一般在150-300bp左右,這符合二代測序的讀長要求。超聲破碎的優(yōu)點是片段大小比較均勻,但操作需要優(yōu)化超聲參數(shù),否則可能會導(dǎo)致過度破碎或片段大小不一致。
酶切方法:利用限制性內(nèi)切酶進(jìn)行片段化。限制性內(nèi)切酶能夠識別特定的DNA序列,并在這些序列處切割DNA。例如,用EcoRⅠ酶可以識別GAATTC序列并進(jìn)行切割。通過選擇合適的限制性內(nèi)切酶組合,可以將DNA切割成期望大小的片段。不過,這種方法的局限性在于酶切位點的限制,可能無法獲得理想的片段大小分布,而且可能會引入酶切偏好性。 江蘇哪里有二代測序價格二代測序的優(yōu)勢是高準(zhǔn)確性。
二代測序——基因組測序該測幾個G?②
人類全外顯子組測序
人類全外顯子組*占基因組的1%-2%,大小約為30M-60M左右,但通常需要較高的測序深度來確保外顯子區(qū)域的變異檢測準(zhǔn)確性,一般測序深度在100X-200X之間,數(shù)據(jù)量大約在3G-12G左右。全外顯子組測序主要關(guān)注編碼蛋白質(zhì)的外顯子區(qū)域,能夠高效地檢測出與疾病相關(guān)的基因突變,常用于遺傳病的診斷、**基因突變篩查等研究。
動植物基因組測序
常見動植物:對于一些常見的動植物物種,如水稻、小鼠等,其基因組大小與人類基因組相近或更小。全基因組測序時,測序深度一般在10X-30X左右,數(shù)據(jù)量在30G-90G之間。如果是進(jìn)行重測序或特定性狀相關(guān)的研究,測序深度可根據(jù)具體情況適當(dāng)調(diào)整。
復(fù)雜基因組的動植物:部分動植物的基因組較大且復(fù)雜,例如某些魚類、植物的多倍體物種等,其基因組大小可能達(dá)到數(shù)G甚至數(shù)十G。對于這類物種的全基因組測序,測序深度可能在5X-10X左右,數(shù)據(jù)量也會因基因組大小而異,從幾十G到數(shù)百G不等。
什么樣本可以做二代測序?①
1、血液樣本
全血:這是最常見的樣本類型之一。血液中含有白細(xì)胞,其細(xì)胞核內(nèi)有完整的基因組DNA。通過提取白細(xì)胞中的DNA,可以進(jìn)行全基因組測序、全外顯子組測序等。例如,在遺傳病的基因診斷中,抽取患者的全血,提取DNA后,對與疾病相關(guān)的基因或整個外顯子組進(jìn)行測序,以尋找致病突變。
血漿/血清:其中含有游離的DNA(cfDNA)和RNA(cfRNA)。在**患者中,腫瘤細(xì)胞會釋放其DNA片段進(jìn)入血液循環(huán),這些cfDNA被稱為循環(huán)**DNA(ctDNA)。通過對血漿中的ctDNA進(jìn)行測序,可以實現(xiàn)**的早期篩查、***過程中的動態(tài)監(jiān)測等。例如,對于肺*患者,檢測血漿中的ctDNA來追蹤**的基因突變情況,為靶向***提供依據(jù)。 二代測序廣泛應(yīng)用于基因組學(xué)研究。
二代測序——蛋白質(zhì)甲基化
概念及位置:蛋白質(zhì)甲基化是指在蛋白質(zhì)的氨基酸殘基上添加甲基基團。常見的甲基化修飾位點包括精氨酸(Arg)和賴氨酸(Lys)殘基。
作用
1、調(diào)節(jié)蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)相互作用:例如,組蛋白(染色體的組成成分)的甲基化可以改變?nèi)旧|(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能,影響基因的可及性。當(dāng)組蛋白 H3 的賴氨酸殘基(如 H3K4、H3K9 等)發(fā)生甲基化時,會招募不同的蛋白質(zhì)復(fù)合物,從而***或抑制基因轉(zhuǎn)錄。2、調(diào)節(jié)酶的活性:某些酶的活性可以通過蛋白質(zhì)甲基化來調(diào)節(jié)。甲基化可能改變酶的活性中心的結(jié)構(gòu)或者影響其與底物的結(jié)合能力。
檢測方法:質(zhì)譜分析:這是一種***用于檢測蛋白質(zhì)甲基化的方法。它能夠精確地確定蛋白質(zhì)分子的質(zhì)量,通過比較甲基化和未甲基化蛋白質(zhì)的質(zhì)譜圖,可以鑒定甲基化位點和修飾程度。 二代測序需要分析嗎?西藏二代測序公司
基因組重測序是二代測序嗎?新疆二代測序原理
二代測序—全外顯子測序的優(yōu)勢
針對性強:它主要聚焦于基因組中編碼蛋白質(zhì)的區(qū)域,這部分區(qū)域雖然只占整個基因組的 1 - 2% 左右,但包含了大部分與疾病相關(guān)的突變。例如,在研究孟德爾遺傳病時,很多致病突變都位于外顯子區(qū)域,通過全外顯子測序可以更高效地找到這些突變。
成本效益高:相比于全基因組測序,全外顯子測序的成本相對較低。因為它不需要對整個基因組(包括大量的非編碼區(qū)域)進(jìn)行測序,在一定程度上減少了數(shù)據(jù)量和測序成本,同時又能獲取大部分有重要功能意義的遺傳信息。 新疆二代測序原理
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