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河北二代測序運用

來源: 發(fā)布時間:2024-12-19

二代測序—全外顯子測序的原理是什么?

全外顯子測序主要是利用序列捕獲技術,將基因組 DNA 中的外顯子區(qū)域富集起來,然后通過高通量測序技術(如第二代測序技術 Illumina 測序平臺)對富集后的外顯子 DN**段進行測序。其大致步驟包括 DNA 提取、片段化、文庫構建、外顯子捕獲、測序和數(shù)據(jù)分析等。例如,在文庫構建過程中,將提取的基因組 DN**段化后,在片段兩端連接上特定的接頭序列,這些接頭序列可以用于后續(xù)的擴增和測序反應。然后通過與外顯子區(qū)域互補的寡核苷酸探針,將外顯子片段從全基因組 DNA 文庫中 “捕獲” 出來,經(jīng)過清洗去除未結合的 DN**段后,對捕獲的外顯子文庫進行大規(guī)模的平行測序。 二代測序包括全基因組測序和全外顯子測序。河北二代測序運用

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一代、二代、三代測序的區(qū)別分別是什么?

一代測序是上世紀70年代由Sanger和Coulson開創(chuàng)的DNA雙脫氧鏈終止法測序,也稱為Sanger測序。

二代測序技術(NGS)是為了改進一代測序通量過低的問題而出現(xiàn)的,能夠同時對上百萬甚至數(shù)十億個DNA分子進行測序?qū)崿F(xiàn)了大規(guī)模、高通量測序的目標。

三代測序主要有兩種技術PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore 的納米孔單分子測序技術,這兩種技術的測序讀長都可以達到幾-kb的級別,遠遠高于二代測序技術。 吉林嘉安健達二代測序流程二代測序是基于PCR和基因芯片發(fā)展而來的DNA測序技術。

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③二代測序一般多久出結果?

3、測序深度和覆蓋度要求

測序深度是指每個堿基被測序的平均次數(shù),覆蓋度是指測序獲得的堿基占整個基因組(或目標區(qū)域)的比例。如果要求高測序深度和高覆蓋度,比如進行**全基因組的深度測序(測序深度可能達到100X甚至更高),需要更長的測序時間來獲取足夠的數(shù)據(jù),并且后續(xù)的數(shù)據(jù)處理和分析也會更復雜。而對于一些簡單的基因篩查項目,測序深度要求較低(如10X-20X),相應的測序和分析時間會縮短。例如,低深度全外顯子測序用于篩查常見突變,測序可能在3-5天完成;而高深度的全外顯子測序用于檢測低頻體細胞突變,可能需要7-10天甚至更久。

宏基因組二代測序,你了解多少?

宏基因組二代測序(mNGS)是一項覆蓋病原譜廣且高通量的檢測技術,已在臨床領域得到了廣泛的應用。對于血液病患者,病原mNGS通過對樣本快速高通量測序,可以獲得更準確、相對無偏倚的病原信息,對病原診斷起到積極的作用,尤其對傳統(tǒng)微生物學檢測未覆蓋到或檢測周期較長、陽性率較低的病原可提高檢出率。對于臨床相關樣本應首先完善傳統(tǒng)微生物學檢測,病理、無菌標本培養(yǎng)仍然是診斷的金標準,病原mNGS是對傳統(tǒng)微生物學檢測的有力補充和延展而非替代。病原mNGS的報告解讀應充分評估檢出微生物的致病性、流行病學、生物信息學信息,同時在結合患者臨床特征的基礎上進行綜合判斷。 二代測序需要多久才能完成?

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什么樣本可以做二代測序?④

4、口腔樣本

口腔拭子:通過刮取口腔黏膜細胞來獲取樣本??谇皇米硬杉奖?、無創(chuàng),可用于DNA提取和基因檢測。例如,在法醫(yī)鑒定中,口腔拭子是常用的樣本來源,用于個體身份識別和親子關系鑒定等;在一些大規(guī)模的人群基因篩查項目中,也可以使用口腔拭子來收集樣本。

5、糞便樣本

糞便中含有腸道微生物、腸道上皮細胞等成分。對糞便樣本進行宏基因組測序,可以研究腸道微生物群落的組成、功能和多樣性。例如,在腸道疾?。ㄈ缪装Y性腸病、結直腸*等)的研究中,分析糞便中微生物群落結構的變化,以及微生物基因的表達情況,有助于了解疾病的發(fā)病機制和尋找潛在的生物標志物。 二代測序的優(yōu)勢是低成本。遼寧哪里有二代測序流程

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二代測序—全外顯子測序的優(yōu)勢

針對性強:它主要聚焦于基因組中編碼蛋白質(zhì)的區(qū)域,這部分區(qū)域雖然只占整個基因組的 1 - 2% 左右,但包含了大部分與疾病相關的突變。例如,在研究孟德爾遺傳病時,很多致病突變都位于外顯子區(qū)域,通過全外顯子測序可以更高效地找到這些突變。

成本效益高:相比于全基因組測序,全外顯子測序的成本相對較低。因為它不需要對整個基因組(包括大量的非編碼區(qū)域)進行測序,在一定程度上減少了數(shù)據(jù)量和測序成本,同時又能獲取大部分有重要功能意義的遺傳信息。 河北二代測序運用

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