Co-IP(免疫共沉淀)技術(shù)主要用于研究蛋白質(zhì)之間的相互作用,其實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)如下:
1. 樣品準(zhǔn)備:Co-IP實(shí)驗(yàn)通常有兩種,一種是內(nèi)源性蛋白相互作用驗(yàn)證,一種是非內(nèi)源性蛋白相互作用驗(yàn)證。內(nèi)源性相互作用通過(guò)質(zhì)粒共轉(zhuǎn)染的方式將兩種蛋白轉(zhuǎn)染至同一細(xì)胞內(nèi)表達(dá);非內(nèi)源性相互作用則是將含有靶蛋白的組織進(jìn)行預(yù)處理及細(xì)胞裂解獲得細(xì)胞裂解液。
2. 沉淀誘餌蛋白:利用磁珠偶聯(lián)抗體沉淀誘餌蛋白。在樣品中加入磁珠偶聯(lián)抗體,抗體會(huì)與誘餌蛋白結(jié)合,利用磁鐵將磁珠拉下,同時(shí)誘餌蛋白會(huì)一起被沉淀出來(lái)。
3. SDS-PAGE及WB檢測(cè):得到沉淀后,需要驗(yàn)證沉淀中是否存在相互作用蛋白。先利用SDS-PAGE將蛋白復(fù)合物分離,隨后利用WB檢測(cè)是否存在靶蛋白。
4. 實(shí)驗(yàn)對(duì)照設(shè)置:為了避免“假陽(yáng)性”,需要設(shè)置正確的對(duì)照,包括陰性對(duì)照和陽(yáng)性對(duì)照(Input組)。Input組為直接利用抗體對(duì)細(xì)胞裂解液進(jìn)行WB檢測(cè),驗(yàn)證細(xì)胞裂解液中存在蛋白。
5. 結(jié)果真實(shí)性:確保共沉淀的蛋白是由所加入的抗體沉淀得到的,而并非外源非特異蛋白。使用單克隆抗體有助于避免污染的發(fā)生。
免疫沉淀技術(shù)IP實(shí)驗(yàn)步驟。上海RIP免疫沉淀磁珠的選擇
免疫沉淀技術(shù)的實(shí)驗(yàn)方法通常包括以下步驟:
1. 樣本準(zhǔn)備
2. 細(xì)胞裂解:使用裂解緩沖液(含有蛋白酶抑制劑以防止蛋白質(zhì)降解)裂解細(xì)胞,釋放蛋白質(zhì)。
3. 蛋白質(zhì)濃度測(cè)定:使用BCA、Bradford或Lowry等方法測(cè)定裂解液中蛋白質(zhì)的濃度。
4. 抗體預(yù)處理:如果使用預(yù)固定的抗體,需先將抗體固定在固相支持物上,如瓊脂糖珠或磁性微珠。
5. 免疫沉淀反應(yīng):將裂解液與特異性抗體(固定或未固定)混合,并在4°C下緩慢搖晃孵育過(guò)夜,以允許抗體與目標(biāo)蛋白質(zhì)充分結(jié)合。
6. 固相支持物的回收:對(duì)于未固定的抗體,加入與抗體特異性結(jié)合的蛋白A或蛋白G結(jié)合的固相支持物。
7. 洗滌:去除未結(jié)合的蛋白質(zhì)和雜質(zhì),通常需要多次洗滌固相支持物。
8. 洗脫:使用適當(dāng)?shù)南疵摼彌_液(如加熱的SDS加載緩沖液或酸性緩沖液)從固相支持物上洗脫免疫復(fù)合物。
9. 后續(xù)分析:對(duì)洗脫的蛋白質(zhì)進(jìn)行SDS-PAGE電泳、Western Blot、質(zhì)譜分析等,以進(jìn)一步分析目標(biāo)蛋白質(zhì)。
10. 對(duì)照實(shí)驗(yàn):包括正對(duì)照(已知能沉淀目標(biāo)蛋白的抗體)和負(fù)對(duì)照(非特異性抗體或無(wú)抗體)以驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)的特異性。
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Co-IP的實(shí)驗(yàn)步驟:
1. 細(xì)胞裂解:首先,細(xì)胞或組織被裂解,釋放其中的蛋白質(zhì)。
2. 抗體結(jié)合:然后,將特異性抗體(針對(duì)已知蛋白質(zhì)之一的抗體)加入到裂解物中。這些抗體會(huì)特異性地結(jié)合到目標(biāo)蛋白(誘餌蛋白)上。
3. 免疫復(fù)合物形成:抗體與目標(biāo)蛋白結(jié)合后,形成免疫復(fù)合物。
4. 沉淀:接著,使用蛋白A或蛋白G結(jié)合的珠子(如瓊脂糖或磁性珠子)來(lái)捕獲免疫復(fù)合物。蛋白A或蛋白G能夠與抗體的Fc部分結(jié)合,從而拉下抗體以及與之結(jié)合的目標(biāo)蛋白和任何相關(guān)的相互作用蛋白。
5. 洗滌:捕獲的免疫復(fù)合物被洗滌以去除未特異性結(jié)合的蛋白質(zhì)。
6. 洗脫和分析:免疫復(fù)合物被洗脫并進(jìn)行進(jìn)一步的分析,如Western blot(WB)或質(zhì)譜分析,以鑒定相互作用的蛋白質(zhì)。
免疫沉淀實(shí)驗(yàn)步驟:
1. 樣品制備
a. 懸浮細(xì)胞樣品處理:離心收集細(xì)胞(4℃, 1000g, 5 min),用手指把細(xì)胞用力彈散。按照6孔板每孔細(xì)胞加入150-250 μL裂解液的比例加入含蛋白酶抑制劑的裂解液(裂解液應(yīng)在使用前數(shù)分鐘內(nèi)加入蛋白酶抑制劑Cocktail,使蛋白酶抑制劑Cocktail的終濃度為1×)?;靹蚝笾糜诒咸幚?0 min;離心收集上清液(4℃, 14000g, 10 min),置于冰上備用(或置于-20℃長(zhǎng)期保存)。
b. 貼壁細(xì)胞樣品處理:移去培養(yǎng)基,用PBS清洗細(xì)胞兩遍;用細(xì)胞刮棒刮脫細(xì)胞,收集至1.5mL EP管內(nèi),按照6孔板每孔加入150-250 μL裂解液的比例加入含蛋白酶抑制劑的裂解液(裂解液應(yīng)在使用前數(shù)分鐘內(nèi)加入蛋白酶抑制劑Cocktail,使蛋白酶抑制劑Cocktail的終濃度為1×)。吹打數(shù)下,使裂解液和細(xì)胞充分接觸。混勻后置于冰上處理10 min;離心收集上清液(4℃, 14000g, 10 min),置于冰上備用(或置于-20℃長(zhǎng)期保存)。
4. 后續(xù):磁珠預(yù)處理——抗體吸附——抗原結(jié)合反應(yīng)——抗體洗脫
免疫沉淀技術(shù)IP的優(yōu)缺點(diǎn)是什么?
RIP技術(shù)的優(yōu)勢(shì)在于:
1. 特異性:利用特異性抗體,可以精確地捕獲目標(biāo)RNA結(jié)合蛋白及其相互作用的RNA。
2. 應(yīng)用場(chǎng)景多:適用于研究RNA結(jié)合蛋白、miRNA、lncRNA等非編碼RNA與蛋白質(zhì)的相互作用。
3. 技術(shù)結(jié)合:RIP后的RNA可以用于多種下游分析,如qPCR、測(cè)序等,為研究RNA的功能和調(diào)控提供了重要信息。
RIP技術(shù)的限制包括:
1. 抗體質(zhì)量:需要高質(zhì)量的特異性抗體,否則可能得到假陽(yáng)性或假陰性結(jié)果。
2. 非特異性結(jié)合:可能存在非特異性結(jié)合問(wèn)題,需要仔細(xì)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和對(duì)照來(lái)控制。
免疫沉淀純化所得抗原純度低是什么原因?上海RIP免疫沉淀磁珠的選擇
免疫沉淀技術(shù)IP的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)。上海RIP免疫沉淀磁珠的選擇
Co-IP(免疫共沉淀)技術(shù)主要用于研究蛋白質(zhì)之間的相互作用,其應(yīng)用場(chǎng)景如下:
1. 蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的鑒定:Co-IP可用于構(gòu)建蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò),發(fā)現(xiàn)目標(biāo)蛋白的結(jié)合伙伴。
2. 信號(hào)傳導(dǎo)途徑的研究:通過(guò)Co-IP技術(shù),科學(xué)家們發(fā)現(xiàn)了許多關(guān)鍵的細(xì)胞信號(hào)通路,如MAPK和PI3K/Akt通路等,為深入理解這些通路的功能和調(diào)控機(jī)制提供了重要線索。
3. 藥物靶點(diǎn)篩選:利用Co-IP技術(shù),研究人員可以篩選潛在的藥物靶點(diǎn)。
疾病機(jī)制研究:通過(guò)分析疾病相關(guān)蛋白質(zhì)的相互作用,Co-IP有助于揭示疾病的分子機(jī)制。
4. 抗體藥物開發(fā):Co-IP可用于研究抗體藥物與其靶標(biāo)蛋白的結(jié)合特性,評(píng)估抗體藥物的親和力和特異性。
5. 轉(zhuǎn)錄因子研究:Co-IP技術(shù)可以用于研究轉(zhuǎn)錄因子與蛋白質(zhì)的相互作用,進(jìn)而揭示基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
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