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BstDNAPolymerase,LargeFragment(嗜熱脂肪芽孢桿菌DNA聚合酶大片段)是一種經(jīng)過(guò)改造的酶,它來(lái)源于嗜熱脂肪芽孢桿菌(Bacillusstearothermophilus)DNA聚合酶I,通過(guò)重組技術(shù)在大腸桿菌中表達(dá)并純化獲得。這種酶具有5'→3'的DNA聚合酶活性,但不具有5'→3'的核酸外切酶活性,因此它在等溫?cái)U(kuò)增反應(yīng)中非常有用,如環(huán)介導(dǎo)的等溫?cái)U(kuò)增(LAMP)和滾環(huán)擴(kuò)增(RCA)等。以下是BstDNAPolymerase,LargeFragment的一些關(guān)鍵特點(diǎn)和應(yīng)用:1.**等溫?cái)U(kuò)增**:BstDNAPolymerase,LargeFragment具有很強(qiáng)的鏈置換能力,適用于多種等溫?cái)U(kuò)增反應(yīng),這些反應(yīng)通常在50-68°C之間進(jìn)行,比較好反應(yīng)溫度為65°C。2.**快速測(cè)序**:由于其高聚合酶活性,BstDNAPolymerase,LargeFragment可以用于快速測(cè)序,特別是對(duì)于高GC含量的DNA模板或微量(納克量級(jí))DNA模板的測(cè)序。3.**全基因組擴(kuò)增**:BstDNAPolymerase,LargeFragment也可用于全基因組擴(kuò)增(WGA),這是一種在不需要熱循環(huán)儀的情況下擴(kuò)增整個(gè)基因組DNA的技術(shù)。4.**高dUTP耐受性**:與BstDNAPolymerase2.0相比,BstDNAPolymerase,LargeFragment在進(jìn)行等溫?cái)U(kuò)增時(shí)不具有將dUTP摻入合成的DNA鏈的能力,這使得它在某些應(yīng)用中更具優(yōu)勢(shì)。泛素蛋白是一種在真核細(xì)胞中存在的小分子蛋白質(zhì),由76個(gè)氨基酸殘基組成,具有高度的保守性。Recombinant Cynomolgus B7-H3/CD276 Protein,His Tag
在PCR實(shí)驗(yàn)中,為了避免引物與已知序列的交叉反應(yīng),從而確保實(shí)驗(yàn)的特異性,以下是一些關(guān)鍵的引物設(shè)計(jì)原則和策略:1.**選擇高保守性區(qū)域**:引物比較好設(shè)計(jì)在模板cDNA的保守區(qū)內(nèi),這樣可以確保引物與目標(biāo)序列的特異性結(jié)合。通過(guò)比較不同物種的同一基因序列,可以確定基因的保守區(qū)。2.**避免引物與非目標(biāo)序列的同源性**:設(shè)計(jì)引物時(shí),應(yīng)避免與基因組中的重復(fù)序列、假基因或高同源性區(qū)域設(shè)計(jì)引物??梢酝ㄟ^(guò)BLAST等工具對(duì)引物進(jìn)行同源性分析,確保引物只與目標(biāo)序列結(jié)合。3.**引物長(zhǎng)度和GC含量**:引物長(zhǎng)度一般在15-30堿基之間,常用的是18-27bp。GC含量一般為40%-60%,以45-55%為宜。過(guò)高或過(guò)低的GC含量都不利于引發(fā)反應(yīng),上下游引物的GC含量和Tm值應(yīng)保持接近。4.**避免引物的3'端錯(cuò)配**:引物3'端的堿基應(yīng)嚴(yán)格要求配對(duì),特別是倒數(shù)第二個(gè)堿基,以避免因末端堿基不配對(duì)而導(dǎo)致PCR失敗。引物3'端比較好不要選擇A,比較好選擇T,因?yàn)楫?dāng)末位鏈為T時(shí),錯(cuò)配的引發(fā)效率降低。5.**避免引物自身及引物之間的互補(bǔ)序列**:引物自身不應(yīng)存在互補(bǔ)序列,否則引物自身會(huì)折疊成發(fā)夾結(jié)構(gòu),影響引物與模板的復(fù)性結(jié)合。前后引物之間也不應(yīng)具有互補(bǔ)性,尤其應(yīng)避免3'端的互補(bǔ)重疊以防止引物二聚體的形成。Recombinant Cynomolgus IL-8/CXCL8 Protein,His Tag在cDNA末端快速擴(kuò)增(RACE)技術(shù)中,Ultra-Long Master Mix 可以用來(lái)擴(kuò)增5'和3'末端的長(zhǎng)片段cDNA。
BstDNA聚合酶和TaqDNA聚合酶在分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)中都是常用的酶,但它們之間存在一些關(guān)鍵的不同點(diǎn):1.**來(lái)源和熱穩(wěn)定性**:-**TaqDNA聚合酶**來(lái)源于嗜熱菌Thermusaquaticus,具有很好的耐熱性,能夠承受PCR的熱變性步驟。-**BstDNA聚合酶**來(lái)源于嗜熱脂肪芽孢桿菌(Bacillusstearothermophilus),同樣具有較高的熱穩(wěn)定性,適用于等溫?cái)U(kuò)增,如LAMP技術(shù),無(wú)需PCR熱循環(huán)。2.**酶活性**:-**TaqDNA聚合酶**具有5'-3'聚合酶活性和5'-3'外切酶活性,但沒(méi)有3'-5'外切酶活性。這意味著它在DNA合成過(guò)程中可以校正一些錯(cuò)誤,但保真性相對(duì)較低。-**BstDNA聚合酶**具有5'-3'聚合酶活性和強(qiáng)鏈置換活性,但缺乏5'-3'外切酶活性。這使得它在等溫?cái)U(kuò)增中更為有效,尤其是在需要高保真度和快速擴(kuò)增的應(yīng)用中。3.**應(yīng)用領(lǐng)域**:-**TaqDNA聚合酶**主要用于PCR技術(shù),適用于各種DNA片段的擴(kuò)增,包括復(fù)雜模板和長(zhǎng)片段的擴(kuò)增。-**BstDNA聚合酶**特別適用于等溫?cái)U(kuò)增技術(shù),如LAMP,這些技術(shù)不需要溫度循環(huán),適用于快速、低成本的DNA擴(kuò)增。4.**擴(kuò)增速度和效率**:-**BstDNA聚合酶**在等溫?cái)U(kuò)增中顯示出比傳統(tǒng)TaqDNA聚合酶更快的擴(kuò)增速度和更高的產(chǎn)量,尤其是在優(yōu)化的LAMP反應(yīng)中。
在PCR實(shí)驗(yàn)中,防止非特異性擴(kuò)增的關(guān)鍵在于優(yōu)化實(shí)驗(yàn)條件和采取一些特定的策略。以下是一些有效的方法:1.**優(yōu)化引物設(shè)計(jì)**:引物設(shè)計(jì)是PCR成功的關(guān)鍵。應(yīng)確保引物序列具有高度特異性,避免與非目標(biāo)序列互補(bǔ)。使用在線工具進(jìn)行引物設(shè)計(jì),并進(jìn)行BLAST搜索以確認(rèn)特異性。2.**使用熱啟動(dòng)PCR**:熱啟動(dòng)PCR技術(shù)可以抑制室溫下的DNA聚合酶活性,減少非特異性擴(kuò)增。這種方法通過(guò)在高溫下激起酶的活性,從而在PCR體系配制階段降低引物與模板或引物與引物之間的非特異性結(jié)合。3.**調(diào)整Mg2+濃度**:Mg2+濃度對(duì)PCR擴(kuò)增的特異性和產(chǎn)量有重要影響。過(guò)高的Mg2+濃度可能導(dǎo)致非特異性擴(kuò)增,因此需要優(yōu)化Mg2+濃度以獲得比較好的結(jié)果。4.**退火溫度優(yōu)化**:退火溫度對(duì)PCR特異性至關(guān)重要。較高的退火溫度有助于減少非特異性結(jié)合,但過(guò)高的退火溫度可能會(huì)降低引物與模板的結(jié)合效率。通常,退火溫度設(shè)置比引物的Tm值低5°C左右。5.**使用降落PCR**:降落PCR(TouchdownPCR)通過(guò)在初始循環(huán)中使用較高的退火溫度,然后逐漸降低退火溫度,從而在PCR開(kāi)始時(shí)減少非特異性擴(kuò)增,同時(shí)在后續(xù)循環(huán)中保持特異性擴(kuò)增。UDG在結(jié)構(gòu)上屬于單功能DNA糖基化酶,它通過(guò)沿著DNA鏈滑動(dòng),識(shí)別尿嘧啶分子,進(jìn)行堿基切除。
DNA片段大小對(duì)磁珠法DNA凝膠回收試劑盒的回收率有影響。根據(jù)搜索結(jié)果,我們可以得出以下結(jié)論:1.**小片段DNA(小于200bp)**:對(duì)于小于200bp的DNA片段,回收率會(huì)下降。這是因?yàn)樾∑蔚腄NA與固相基質(zhì)的結(jié)合力相對(duì)較弱,因此相對(duì)損失較大,導(dǎo)致回收率降低。在某些情況下,小于100bp的DNA片段的回收率可能只有30-60%。2.**中等大小片段DNA(200bp-4kb)**:在這個(gè)范圍內(nèi)的DNA片段,通常回收率較高,可以達(dá)到80-95%。這是因?yàn)檫@些片段大小適中,既不會(huì)因太小而損失,也不會(huì)因太大而難以洗脫。3.**大片段DNA(大于4kb)**:對(duì)于大于4kb的DNA片段,回收率也會(huì)下降,通常在30-50%之間。這是因?yàn)榇笃蔚腄NA與固相基質(zhì)的結(jié)合力更強(qiáng),因此更難洗脫。4.**片段大小與回收率的關(guān)系**:DNA片段越大,和固相基質(zhì)的結(jié)合力越強(qiáng),就越難洗脫,回收率就越低。相反,DNA的量越少,相對(duì)損失越大,回收率也越低。5.**操作技巧**:為了提高回收率,可以采取一些操作技巧,比如減少切膠體積、確保溶膠徹底、使用合適的洗脫液體積和pH值等。
Ultra-Long Master Mix 在分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)中的應(yīng)用主要集中在需要擴(kuò)增長(zhǎng)片段DNA序列的場(chǎng)合。Recombinant Cynomolgus B7-H3/CD276 Protein,His Tag
Lambda核酸外切酶(LambdaExonuclease,簡(jiǎn)稱λExonuclease)是一種具有特定特性和應(yīng)用的酶,以下是其主要特點(diǎn)和應(yīng)用:1.**特異性作用**:λExonuclease是一種5'→3'核酸外切酶,能選擇性地沿5'→3'方向消化5'端磷酸化的雙鏈DNA。2.**酶切活性**:對(duì)單鏈DNA和5'端未磷酸化修飾的DNA的酶切活性較低,不能從DNA的切刻或缺口處起始消化。3.**嗜磷酸性**:該酶具有非常強(qiáng)的嗜磷酸性,磷酸化的核酸鏈與非磷酸化的核酸鏈的切割效率相差達(dá)200倍以上。4.**切割效率**:Lambda核酸外切酶是一種具有高度持續(xù)性的堿性核酸外切酶,可以連續(xù)地將核酸切割成為單個(gè)堿基,切割比較高速率可以達(dá)到1000nt/S。5.**應(yīng)用領(lǐng)域**:-生成單鏈PCR產(chǎn)物用于DNA測(cè)序。-DNA單鏈構(gòu)象多態(tài)性(SSCP)分析。-滾環(huán)擴(kuò)增。-從雙鏈DNA片段生成單鏈DNA。-PCR產(chǎn)物的克隆。-質(zhì)粒制備凈化。6.**酶活性定義**:Oneunitisdefinedastheamountofenzymerequiredtoproduce10nmolofacid-solubledeoxyribonucleotidefromdouble-strandedsubstrateinatotalreactionvolumeof50μlin30minutesat37oCin1XLambdaExonucleaseReactionBufferwith1μgsonicatedduplex[3H]-DNA。Recombinant Cynomolgus B7-H3/CD276 Protein,His Tag