T7EndonucleaseI(T7EI)是一種特殊的DNA內(nèi)切酶,具有以下特點(diǎn):1.**識(shí)別錯(cuò)配DNA**:T7EI能夠識(shí)別并切割不完全配對的DNA、十字型結(jié)構(gòu)DNA、Holliday結(jié)構(gòu)或交叉DNA以及異源雙鏈DNA。2.**切割位點(diǎn)**:T7EI切割錯(cuò)配位點(diǎn)5'端的、第二或第三個(gè)磷酸二酯鍵。3.**靈敏度**:T7EI對錯(cuò)配DNA的識(shí)別非常靈敏,能夠檢測并切割單堿基和多堿基的錯(cuò)配。4.**應(yīng)用**:T7EI常用于CRISPR/Cas9等基因編輯技術(shù)導(dǎo)致的基因突變的鑒定。它通過識(shí)別錯(cuò)配DNA來幫助鑒定基因編輯是否成功以及是否有非目標(biāo)效應(yīng)。5.**直接電泳檢測**:T7EI的產(chǎn)物可以直接通過電泳進(jìn)行檢測,這使得它在實(shí)驗(yàn)操作中更為方便。6.**來源**:T7EI來源于大腸桿菌菌株,是一種麥芽糖結(jié)合蛋白(MBP)和T7核酸內(nèi)切酶I(T7EI)的融合蛋白。7.**成本效益**:盡管T7EI在商業(yè)上使用時(shí)成本較高,但它在大規(guī)模樣本測試中,尤其是在基因突變鑒定方面,提供了一種有效的篩選方法。8.**特殊注意事項(xiàng)**:T7EI能夠識(shí)別長度大于或等于2bp的插入、缺失或突變導(dǎo)致的錯(cuò)配DNA,但不能識(shí)別1bp的插入、缺失或突變。這些特點(diǎn)使得T7EndonucleaseI成為基因突變鑒定中一個(gè)非常有用的工具,尤其是在CRISPR/Cas9等基因編輯技術(shù)的應(yīng)用中。盡管Ultra-Long Master Mix設(shè)計(jì)用于長片段擴(kuò)增,但在某些情況下,可能出現(xiàn)非特異性擴(kuò)增,需要通過優(yōu)化引物。Recombinant Mouse APOA2 Protein,hFc Tag
磁珠法在基因克隆中的應(yīng)用主要體現(xiàn)在以下幾個(gè)方面:1.**質(zhì)粒DNA的提取**:磁珠法可以用于從細(xì)菌細(xì)胞中提取質(zhì)粒DNA,這對于質(zhì)粒的克隆和表達(dá)至關(guān)重要。通過磁珠法提取的質(zhì)粒DNA純度高,適合用于后續(xù)的酶切、連接、轉(zhuǎn)化等分子克隆步驟。2.**基因組DNA的提取**:磁珠法可以用于從各種生物樣本中提取基因組DNA,這對于基因組的克隆和分析非常重要。提取的基因組DNA可以用于PCR擴(kuò)增、基因表達(dá)分析、基因突變檢測等。3.**mRNA的提取和純化**:在mRNA克隆中,磁珠法可以用于提取和純化mRNA,這對于cDNA的合成和基因表達(dá)分析非常關(guān)鍵。磁珠法提取的mRNA純度高,可以用于后續(xù)的cDNA合成和RT-PCR等實(shí)驗(yàn)。4.**PCR產(chǎn)物的純化**:磁珠法可以用于純化PCR產(chǎn)物,去除反應(yīng)中的酶、dNTPs和其他雜質(zhì),為克隆PCR產(chǎn)物提供高純度的DNA模板。5.**DNA片段的篩選和回收**:在基因克隆過程中,可能需要從多個(gè)DNA片段中篩選出特定大小或序列的片段。磁珠法可以用于DNA片段的篩選和回收,提高克隆效率。6.**自動(dòng)化和高通量操作**:磁珠法易于與自動(dòng)化設(shè)備結(jié)合,適合高通量樣本處理,這對于大規(guī)模基因克隆項(xiàng)目尤為重要。自動(dòng)化操作減少了人為操作誤差,提高了實(shí)驗(yàn)的重復(fù)性和可靠性。Recombinant Cynomolgus IL-2 R gamma/CD132 Protein,His Tag泛素分子可以通過其內(nèi)部的賴氨酸殘基與其他泛素分子形成多聚泛素鏈,這一步驟通常由E3酶催化。
T7EndonucleaseI(T7EI)在CRISPR/Cas9基因編輯中的應(yīng)用主要體現(xiàn)在突變體檢測和基因編輯效率評(píng)估上。以下是T7EI在CRISPR/Cas9中的具體應(yīng)用步驟和特點(diǎn):1.**基因編輯效率評(píng)估**:-T7EI用于評(píng)估CRISPR-Cas9在給定的導(dǎo)向RNA靶位點(diǎn)上對細(xì)胞群體進(jìn)行基因編輯的效率。-通過PCR擴(kuò)增圍繞CRISPR導(dǎo)向RNA靶位點(diǎn)的基因組DNA,如果CRISPR-Cas9介導(dǎo)的非同源末端連接(NHEJ)修復(fù)事件引入了突變,變性和退火將形成突變型和野生型PCR擴(kuò)增子的異源雙鏈DNA。2.**突變體檢測**:-如果CRISPR/Cas9編輯成功在DNA上引入突變,則可與野生型DNA片段退火產(chǎn)生異質(zhì)雙鏈DNA。T7EI可以識(shí)別該DNA上的不完全配對的DNA位點(diǎn)然后進(jìn)行雙鏈切割,通過瓊脂糖凝膠電泳即可顯示酶切后的條帶,從而半定量判定基因編輯效果。-T7EI能識(shí)別長度大于或等于2bp的插入、缺失或突變導(dǎo)致的錯(cuò)配DNA,不能識(shí)別1bp的插入、缺失或突變。3.**實(shí)驗(yàn)步驟**:-收集細(xì)胞并提取基因組DNA,然后使用PCR擴(kuò)增期望編輯的基因組區(qū)域。擴(kuò)增子的長度建議為0.5-1kb。-對擴(kuò)增的DNA進(jìn)行變性和退火復(fù)性,以產(chǎn)生異質(zhì)雙鏈DNA。-使用T7EI酶處理退火后的DNA產(chǎn)物,在37℃孵育15分鐘。
BsuDNAPolymerase(嗜熱脂肪芽孢桿菌DNA聚合酶)與其他DNA聚合酶相比,具有一些獨(dú)特的特性和優(yōu)勢:1.**鏈置換活性**:BsuDNAPolymerase保留了BacillussubtilisDNA聚合酶I的5'→3'聚合酶活性,但缺乏5'→3'核酸外切酶結(jié)構(gòu)域,這使得它具有鏈置換DNA合成的能力。這種能力對于等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)如重組酶聚合酶擴(kuò)增(RPA)和環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增(LAMP)非常重要,因?yàn)樗梢苑蛛x雙鏈DNA,允許新的DNA鏈的合成。2.**溫度穩(wěn)定性**:BsuDNAPolymerase在高溫下保持活性,這使得它適用于需要在較高溫度下進(jìn)行的擴(kuò)增反應(yīng),如RPA技術(shù)中的65°C反應(yīng)條件。3.**無核酸外切酶活性**:BsuDNAPolymerase缺乏3'→5'和5'→3'核酸外切酶活性,這意味著它不會(huì)像某些其他聚合酶那樣在合成過程中具有校對功能。這可以減少非特異性擴(kuò)增,提高擴(kuò)增的特異性。4.**高靈敏度和特異性**:BsuDNAPolymerase在等溫?cái)U(kuò)增中展現(xiàn)出高靈敏度,能夠?qū)⑽⒘亢怂崮0鍞U(kuò)增到可檢測水平,同時(shí)保持高特異性。5.**簡化的操作流程**:與其他需要復(fù)雜操作和多個(gè)步驟的DNA聚合酶相比,BsuDNAPolymerase在等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)中的應(yīng)用簡化了操作流程,因?yàn)樗恍枰獰嵫h(huán)儀,這使得它適合現(xiàn)場快速檢測和診斷。
T5核酸外切酶在基因克隆中的優(yōu)勢主要體現(xiàn)在以下幾個(gè)方面:1.**高效性**:T5核酸外切酶依賴性組裝(TEDA)方法在常規(guī)克隆中的效率與使用專有DNA聚合酶的商業(yè)In-Fusion方法相似,但高于使用T5核酸外切酶、PhusionDNA聚合酶和DNA連接酶的Gibson方法。2.**低成本**:TEDA方法每個(gè)反應(yīng)使用0.04U的T5核酸外切酶,價(jià)格為0.25美分,具有很高的成本效益。3.**簡單性**:TEDA方法的反應(yīng)混合物非常簡單,易于操作,這使得它在預(yù)算有限的實(shí)驗(yàn)室中尤其有用。4.**靈活性**:TEDA方法能夠組裝多個(gè)DNA片段,并在多個(gè)位點(diǎn)同時(shí)進(jìn)行定點(diǎn)誘變,提供了一種靈活的克隆和突變方法。5.**陽性克隆率**:使用T5核酸外切酶的無縫克隆技術(shù)可以確保100%的陽性克隆率,這提高了實(shí)驗(yàn)的成功率。6.**協(xié)同作用**:在無縫克隆中,T5核酸外切酶與Phusion高保真DNA聚合酶和TaqDNA連接酶協(xié)同作用,通過切割、填補(bǔ)和連接三個(gè)步驟,高效地完成DNA片段的連接。7.**減少污染**:T5核酸外切酶可以降解堿裂解提取質(zhì)粒中的變性DNA,減少超螺旋DNA的污染,提高DNA克隆和轉(zhuǎn)染效率。這些優(yōu)勢使得T5核酸外切酶成為基因克隆中一個(gè)非常有價(jià)值的工具,尤其是在需要高效、低成本和操作簡便的實(shí)驗(yàn)環(huán)境中。E1在ATP的存在下激發(fā)泛素分子,通過一個(gè)硫酯鍵將泛素的C末端甘氨酸殘基與E1酶的活性連接起來。Recombinant Mouse MUC18/CD146 Protein,His Tag
激發(fā)的泛素被轉(zhuǎn)移到泛素結(jié)合酶E2的活性位點(diǎn)半胱氨酸殘基上,形成E2-泛素硫酯中間體。Recombinant Mouse APOA2 Protein,hFc Tag
DNA片段大小對磁珠法DNA凝膠回收試劑盒的回收率有影響。根據(jù)搜索結(jié)果,我們可以得出以下結(jié)論:1.**小片段DNA(小于200bp)**:對于小于200bp的DNA片段,回收率會(huì)下降。這是因?yàn)樾∑蔚腄NA與固相基質(zhì)的結(jié)合力相對較弱,因此相對損失較大,導(dǎo)致回收率降低。在某些情況下,小于100bp的DNA片段的回收率可能只有30-60%。2.**中等大小片段DNA(200bp-4kb)**:在這個(gè)范圍內(nèi)的DNA片段,通?;厥章瘦^高,可以達(dá)到80-95%。這是因?yàn)檫@些片段大小適中,既不會(huì)因太小而損失,也不會(huì)因太大而難以洗脫。3.**大片段DNA(大于4kb)**:對于大于4kb的DNA片段,回收率也會(huì)下降,通常在30-50%之間。這是因?yàn)榇笃蔚腄NA與固相基質(zhì)的結(jié)合力更強(qiáng),因此更難洗脫。4.**片段大小與回收率的關(guān)系**:DNA片段越大,和固相基質(zhì)的結(jié)合力越強(qiáng),就越難洗脫,回收率就越低。相反,DNA的量越少,相對損失越大,回收率也越低。5.**操作技巧**:為了提高回收率,可以采取一些操作技巧,比如減少切膠體積、確保溶膠徹底、使用合適的洗脫液體積和pH值等。