Real-time PCR-傳統(tǒng)定量PCR：擴(kuò)增后用內(nèi)切酶消化PCR產(chǎn)物，競爭性模板的產(chǎn)物被酶解為兩個(gè)片段，而待測模板不被酶切，可通過電泳或高效液相將兩種產(chǎn)物分開，分別測定熒光強(qiáng)度，根據(jù)已知模板推測未知模板的起始拷貝數(shù)。PCR－ELISA法：利用地高辛或生物素等標(biāo)記引物，擴(kuò)增產(chǎn)物被固相板上特異的探針?biāo)Y(jié)合，再加入抗地高辛或生物素酶標(biāo)抗體－辣根過氧化物酶結(jié)合物，之后酶使底物顯色。常規(guī)的PCR－ELISA法只是定性實(shí)驗(yàn)，若加入內(nèi)標(biāo)，作出標(biāo)準(zhǔn)曲線，也可實(shí)現(xiàn)定量檢測目的。聚合酶鏈反應(yīng)五要素：參加PCR反應(yīng)的物質(zhì)主要有五種即：引物、酶、dNTP、模板和緩沖液。麗水特殊樣本定量PCR

Real-time PCR從用途上分可以分為定性分析和定量分析：定量分析可以分為定量和相對定量兩種。定量指的是我們想知道某個(gè)基因在初始樣品中具體的拷貝數(shù)或濃度是多少？定量實(shí)驗(yàn)必須使用已知拷貝數(shù)的標(biāo)準(zhǔn)品，必須做標(biāo)準(zhǔn)曲線。而相對定量是指我們想知道某一個(gè)基因在不同樣品中表達(dá)量的差異，其目的是測定目的基因在兩個(gè)或多個(gè)樣本中的含量的相對比例，而不需要知道它們在每個(gè)樣本中的拷貝數(shù)。舉例來說，如研究項(xiàng)目中包括使用高鹽脅迫處理的樣本和未高鹽脅迫處理的樣本，記為已處理樣本和未處理樣本，通?？梢詫⑽刺幚順颖局付榛鶞?zhǔn)，規(guī)定其目的基因濃度為100%，用已處理樣本的定量結(jié)果除以未處理樣本的定量結(jié)果，就可以計(jì)算每個(gè)已處理樣本的基因含量相對于未處理樣本的百分比。相對定量可以應(yīng)用于差異顯示結(jié)果驗(yàn)證、基因芯片結(jié)果驗(yàn)證、siRNA效果確認(rèn)、mRNA表達(dá)量分析等等。上海組織數(shù)字PCR技術(shù)服務(wù)PCR擴(kuò)增時(shí)在加入一對引物的同時(shí)加入一個(gè)特異性的螢光探針。

聚合酶鏈反應(yīng)注意事項(xiàng)：在實(shí)驗(yàn)過程中要防止RNA的降解，保持RNA的完整性。在總RNA的提取過程中，注意避免mRNA的斷裂；為了防止非特異性擴(kuò)增，必須設(shè)陰性對照；內(nèi)參的設(shè)定主要為了用于靶RNA的定量。常用的內(nèi)參有G3PD（甘油醛-3-磷酸脫氫酶）、β-Actin（β-肌動(dòng)蛋白）等。其目的在于避免RNA定量誤差、加樣誤差以及各PCR反應(yīng)體系中擴(kuò)增效率不均一各孔間的溫度差等所造成的誤差；PCR不能進(jìn)入平臺(tái)期，出現(xiàn)平臺(tái)效應(yīng)與所擴(kuò)增的目的基因的長度、序列、二級(jí)結(jié)構(gòu)以及目標(biāo)DNA起始的數(shù)量有關(guān)。故對于每一個(gè)目標(biāo)序列出現(xiàn)平臺(tái)效應(yīng)的循環(huán)數(shù)，均應(yīng)通過單獨(dú)實(shí)驗(yàn)來確定；防止DNA的污染：采用DNA酶處理RNA；在可能的情況下，將PCR引物置于基因的不同外顯子，以消除基因和mRNA的共線性。聚合酶鏈反應(yīng)可以選擇這些突變來理解蛋白質(zhì)是如何完成其功能的，并改變或改善蛋白質(zhì)功能。

Real-time PCR鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的常見問題：靶序列變異：如靶序列發(fā)生突變或缺失，影響引物與模板特異性結(jié)合，或因靶序列某段缺失使引物與模板失去互補(bǔ)序列，其PCR擴(kuò)增是不會(huì)成功的。假陽性：出現(xiàn)的PCR擴(kuò)增條帶與目的靶序列條帶一致，有時(shí)其條帶更整齊，亮度更高。引物設(shè)計(jì)不合適：選擇的擴(kuò)增序列與非目的擴(kuò)增序列有同源性，因而在進(jìn)行PCR擴(kuò)增時(shí)，擴(kuò)增出的PCR產(chǎn)物為非目的性的序列。靶序列太短或引物太短，容易出現(xiàn)假陽性。需重新設(shè)計(jì)引物。出現(xiàn)片狀拖帶或涂抹帶：PCR擴(kuò)增有時(shí)出現(xiàn)涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。其原因往往由于酶量過多或酶的質(zhì)量差，dNTP濃度過高，Mg2+濃度過高，退火溫度過低，循環(huán)次數(shù)過多引起。其對策有：減少酶量，或調(diào)換另一來源的酶。②減少dNTP的濃度。適當(dāng)降低Mg2+濃度。增加模板量，減少循環(huán)次數(shù)。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)準(zhǔn)備：PCR所用的酶主要有兩種來源：Taq和Pfu，分別來自兩種不同的噬熱菌。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)：DNA的半保留復(fù)制是生物進(jìn)化和傳代的重要途徑。

Real-time PCR探針法適用于：1、具有高適應(yīng)性和可靠性，實(shí)驗(yàn)結(jié)果穩(wěn)定重複性好，特異性更高。2、適用于擴(kuò)增序列專一的體系的檢測。3、樣品中靶基因含量過低的定量PCR檢測。4、靶基因的特異序列較短，無論怎樣較佳化引物設(shè)計(jì)條件都不能解決。5、存在與靶基因同源的序列，在PCR中容易出現(xiàn)非特異性擴(kuò)增，對特異性要求較高的定量。6、普遍用于人類傳染病的診斷和病原定量,在動(dòng)物病原體基因的檢測,畜禽產(chǎn)品的檢驗(yàn)檢疫,生物製品的鑒定。Real-time PCR探針法:PCR擴(kuò)增時(shí)在加入一對引物的同時(shí)加入一個(gè)特異性的螢光探針，該探針為一寡核苷酸，兩端分別標(biāo)記一個(gè)報(bào)告螢光基團(tuán)和一個(gè)淬滅螢光基團(tuán)。探針完整時(shí)，報(bào)告基團(tuán)發(fā)射的螢光信號(hào)被淬滅基團(tuán)吸收；PCR擴(kuò)增時(shí)，Taq酶的5’-3’外切酶活性將探針酶切降解，使報(bào)告螢光基團(tuán)和淬滅螢光基團(tuán)分離，從而螢光監(jiān)測系統(tǒng)可接收到螢光信號(hào)，即每擴(kuò)增一條DNA鏈，就有一個(gè)螢光分子形成，實(shí)現(xiàn)了螢光信號(hào)的累積與PCR產(chǎn)物形成完全同步。Real-time PCR從用途上分可以分為定性分析和定量分析。南通細(xì)胞定量PCR原理及步驟

嵌套聚合酶鏈反應(yīng)：通過減少DNA非特異性擴(kuò)增的背景，提高DNA擴(kuò)增的特異性。麗水特殊樣本定量PCR

Real-time PCR鏈反應(yīng)：嵌套聚合酶鏈反應(yīng):通過減少DNA非特異性擴(kuò)增的背景，提高DNA擴(kuò)增的特異性。兩組引物用于兩個(gè)連續(xù)的PCR。在個(gè)反應(yīng)中，一對引物用于產(chǎn)生DNA產(chǎn)物，除了預(yù)期的靶之外，該產(chǎn)物可能仍然由非特異性擴(kuò)增的DN段組成。然后用一組引物將產(chǎn)物用于第二次聚合酶鏈反應(yīng)，所述引物的結(jié)合位點(diǎn)完全或部分不同于次反應(yīng)中使用的每個(gè)引物，并且位于其中的3’。嵌套式PCR在特異性擴(kuò)增長DN段方面通常比傳統(tǒng)PCR更成功，但它需要更詳細(xì)的目標(biāo)序列知識(shí)。重疊延伸聚合酶鏈反應(yīng)或者通過重疊延伸拼接(SOEing):一種用于將兩個(gè)或多個(gè)含有互補(bǔ)序列的DN段拼接在一起的基因工程技術(shù)。它用于連接含有基因、調(diào)節(jié)序列或突變的DN段；這項(xiàng)技術(shù)可以創(chuàng)造特定的長DNA構(gòu)建體。它還可以將缺失、插入或點(diǎn)突變引入DNA序列。麗水特殊樣本定量PCR

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