Real-time PCR鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的常見問題：靶序列變異：如靶序列發(fā)生突變或缺失，影響引物與模板特異性結(jié)合，或因靶序列某段缺失使引物與模板失去互補(bǔ)序列，其PCR擴(kuò)增是不會(huì)成功的。假陽(yáng)性：出現(xiàn)的PCR擴(kuò)增條帶與目的靶序列條帶一致，有時(shí)其條帶更整齊，亮度更高。引物設(shè)計(jì)不合適：選擇的擴(kuò)增序列與非目的擴(kuò)增序列有同源性，因而在進(jìn)行PCR擴(kuò)增時(shí)，擴(kuò)增出的PCR產(chǎn)物為非目的性的序列。靶序列太短或引物太短，容易出現(xiàn)假陽(yáng)性。需重新設(shè)計(jì)引物。出現(xiàn)片狀拖帶或涂抹帶：PCR擴(kuò)增有時(shí)出現(xiàn)涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。其原因往往由于酶量過多或酶的質(zhì)量差，dNTP濃度過高，Mg2+濃度過高，退火溫度過低，循環(huán)次數(shù)過多引起。其對(duì)策有：減少酶量，或調(diào)換另一來(lái)源的酶。②減少dNTP的濃度。適當(dāng)降低Mg2+濃度。增加模板量，減少循環(huán)次數(shù)。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)準(zhǔn)備：PCR所用的酶主要有兩種來(lái)源：Taq和Pfu，分別來(lái)自兩種不同的噬熱菌。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)又稱多聚酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)。莆田特殊樣本RT-PCR檢測(cè)技術(shù)原理及步驟

Real-time PCR：所謂Real-time PCR技術(shù)，是指在PCR反應(yīng)體系中加入螢光基團(tuán)，利用螢光信號(hào)累積實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)整個(gè)PCR進(jìn)程，之后通過標(biāo)準(zhǔn)曲線對(duì)未知模板進(jìn)行定量分析的方法。利用螢光信號(hào)的變化實(shí)時(shí)檢測(cè)PCR擴(kuò)增反應(yīng)中每一個(gè)循環(huán)擴(kuò)增產(chǎn)物量的變化，通過Ct值和標(biāo)準(zhǔn)曲線的分析對(duì)起始模板進(jìn)行定量分析。Real-time PCR技術(shù)即實(shí)時(shí)螢光定量PCR避免了傳統(tǒng)PCR以終產(chǎn)物監(jiān)測(cè)定量產(chǎn)生的偏差，提高實(shí)驗(yàn)的重複性。該技術(shù)已經(jīng)被普遍用于監(jiān)測(cè)細(xì)胞mRNA表達(dá)量的變化；比較不同組織的mRNA表達(dá)差異；驗(yàn)證基因晶片，siRNA干擾的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。莆田特殊樣本RT-PCR檢測(cè)技術(shù)原理及步驟Real-time PCR在實(shí)驗(yàn)過程中要防止RNA的降解。

Real-time PCR實(shí)驗(yàn)常用的RNA酶抑制劑：1.焦磷酸二乙酯（DEPC）：是一種強(qiáng)烈但不徹底的RNA酶抑制劑。它通過和RNA酶的活性基團(tuán)組氨酸的咪唑環(huán)結(jié)合使蛋白質(zhì)變性，從而抑制酶的活性。2.異硫氰酸胍：目前被認(rèn)為是較有效的RNA酶抑制劑，它在裂解組織的同時(shí)也使RNA酶失活。它既可破壞細(xì)胞結(jié)構(gòu)使核酸從蛋白中解離出來(lái)，又對(duì)RNA酶有強(qiáng)烈的變性作用。3.氧釩核糖核苷復(fù)合物：由氧化釩離子和核苷形成的復(fù)合物，它和RNA酶結(jié)合形成過渡態(tài)類物質(zhì)，幾乎能完全抑制RNA酶的活性。4.RNA酶的蛋白抑制劑（RNasin）：從大鼠肝或人胎盤中提取得來(lái)的酸性糖蛋白。RNasin是RNA酶的一種非競(jìng)爭(zhēng)性抑制劑，可以和多種RNA酶結(jié)合，使其失活。5.其它：SDS、尿素、硅藻土等對(duì)RNA酶也有一定抑制作用。

Real-time PCR從用途上分可以分為定性分析和定量分析：定量分析可以分為定量和相對(duì)定量?jī)煞N。定量指的是我們想知道某個(gè)基因在初始樣品中具體的拷貝數(shù)或濃度是多少？定量實(shí)驗(yàn)必須使用已知拷貝數(shù)的標(biāo)準(zhǔn)品，必須做標(biāo)準(zhǔn)曲線。而相對(duì)定量是指我們想知道某一個(gè)基因在不同樣品中表達(dá)量的差異，其目的是測(cè)定目的基因在兩個(gè)或多個(gè)樣本中的含量的相對(duì)比例，而不需要知道它們?cè)诿總€(gè)樣本中的拷貝數(shù)。舉例來(lái)說，如研究項(xiàng)目中包括使用高鹽脅迫處理的樣本和未高鹽脅迫處理的樣本，記為已處理樣本和未處理樣本，通?？梢詫⑽刺幚順颖局付榛鶞?zhǔn)，規(guī)定其目的基因濃度為100%，用已處理樣本的定量結(jié)果除以未處理樣本的定量結(jié)果，就可以計(jì)算每個(gè)已處理樣本的基因含量相對(duì)于未處理樣本的百分比。相對(duì)定量可以應(yīng)用于差異顯示結(jié)果驗(yàn)證、基因芯片結(jié)果驗(yàn)證、siRNA效果確認(rèn)、mRNA表達(dá)量分析等等。在不同的PCR反應(yīng)管中加入已定量的內(nèi)標(biāo)和引物，內(nèi)標(biāo)用基因工程方法合成。

Real-time PCR探針法適用于：1、具有高適應(yīng)性和可靠性，實(shí)驗(yàn)結(jié)果穩(wěn)定重複性好，特異性更高。2、適用于擴(kuò)增序列專一的體系的檢測(cè)。3、樣品中靶基因含量過低的定量PCR檢測(cè)。4、靶基因的特異序列較短，無(wú)論怎樣較佳化引物設(shè)計(jì)條件都不能解決。5、存在與靶基因同源的序列，在PCR中容易出現(xiàn)非特異性擴(kuò)增，對(duì)特異性要求較高的定量。6、普遍用于人類傳染病的診斷和病原定量,在動(dòng)物病原體基因的檢測(cè),畜禽產(chǎn)品的檢驗(yàn)檢疫,生物製品的鑒定。Real-time PCR探針法:PCR擴(kuò)增時(shí)在加入一對(duì)引物的同時(shí)加入一個(gè)特異性的螢光探針，該探針為一寡核苷酸，兩端分別標(biāo)記一個(gè)報(bào)告螢光基團(tuán)和一個(gè)淬滅螢光基團(tuán)。探針完整時(shí)，報(bào)告基團(tuán)發(fā)射的螢光信號(hào)被淬滅基團(tuán)吸收；PCR擴(kuò)增時(shí)，Taq酶的5’-3’外切酶活性將探針酶切降解，使報(bào)告螢光基團(tuán)和淬滅螢光基團(tuán)分離，從而螢光監(jiān)測(cè)系統(tǒng)可接收到螢光信號(hào)，即每擴(kuò)增一條DNA鏈，就有一個(gè)螢光分子形成，實(shí)現(xiàn)了螢光信號(hào)的累積與PCR產(chǎn)物形成完全同步。實(shí)時(shí)熒光定量PCR實(shí)現(xiàn)了每一輪循環(huán)均檢測(cè)一次熒光信號(hào)的強(qiáng)度。溫州特殊樣本數(shù)字PCR

Real-time PCR從用途上分可以分為定性分析和定量分析。莆田特殊樣本RT-PCR檢測(cè)技術(shù)原理及步驟

Real-time PCR原理：所謂實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)，是指在PCR反應(yīng)體系中加入熒光基團(tuán)，利用熒光信號(hào)積累實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)整個(gè)PCR進(jìn)程，通過標(biāo)準(zhǔn)曲線對(duì)未知模板進(jìn)行定量分析的方法。DNA結(jié)合染料法，應(yīng)用一種帶有熒光的、非特異的DNA結(jié)合染料檢測(cè)PCR過程中積累的擴(kuò)增產(chǎn)物。檢測(cè)所有雙鏈DNA擴(kuò)增產(chǎn)物，包括非特異反應(yīng)產(chǎn)物，如引物二聚體?？蓪?duì)任何雙鏈DNA進(jìn)行定量；不需要探針，因此減少了實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)及運(yùn)轉(zhuǎn)成本；適合于大量基因的分析；簡(jiǎn)單易用。實(shí)時(shí)熒光定量PCR：實(shí)時(shí)熒光定量PCR（QuantitativeReal-time PCR）是一種在DNA擴(kuò)增反應(yīng)中，以熒光化學(xué)物質(zhì)測(cè)每次聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PCR）循環(huán)后產(chǎn)物總量的方法。通過內(nèi)參或者外參法對(duì)待測(cè)樣品中的特定DNA序列進(jìn)行定量分析的方法。Real-time PCR是在PCR擴(kuò)增過程中，通過熒光信號(hào)，對(duì)PCR進(jìn)程進(jìn)行實(shí)時(shí)檢測(cè)。由于在PCR擴(kuò)增的指數(shù)時(shí)期，模板的Ct值和該模板的起始拷貝數(shù)存在線性關(guān)系，所以成為定量的依據(jù)。莆田特殊樣本RT-PCR檢測(cè)技術(shù)原理及步驟

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